廟坐北朝南，占地萬余平方米。中軸線上有山門、獻殿、正殿，兩側為東西廂房。獻殿面寬五間，進深二間。單檐硬山頂。正殿面寬三間，進深二間，單檐硬山頂。正殿及兩側耳室內塑扁鵲、十大名醫及侍從彩塑20尊，為明代佳作。
扁鵲是我國春秋戰國時期的一位最傑出的中醫藥學家。他仁愛至誠，普濟眾生，是我國醫道醫德的萬世師表。他發明四診“望、聞、問、切”，奠定了針灸療法的基礎。由他所著醫學《難經》有關切脈的論述，在世界多個國家已被寫入醫學教科書。
現扁鵲廟分為廟區、墓區及中間中草藥種植基地。扁鵲廟區現有建築：山門、東西廊房、扁鵲獻殿、扁鵲正殿、藥王台、扁鵲祠、觀音殿、財神殿。
