微山湖濕地博物館始建於2009年，是按照國家林業局和省政府批復的《濱湖國家濕地公園總體規劃》，由南京林業大學規劃設計院規劃設計，規劃面積37000平方米，建築面積3000平方米，總投資5500萬元。
微山湖濕地博物館展館由序廳、世界濕地、中國濕地、微山湖濕地、濕地保護、互動廳、水生植物園、3息劇場、4D電影院、辦公區10個部分組成。 微山湖濕地博物館外形采用仿生構思，仿造濕地紅荷，由三片荷葉和一束含苞待放的荷花組成，與周邊的濕地環境相協調，集濕地生態、濕地文化、濕地植物和動感影視觀賞於一體，集中展示濱湖濕地、國內及國際濕地生態景觀，達到身臨其境的感覺。本館打破了一般博物館簡單的圖片和文字陳列的展示方式，采取大量的復原景觀、聲、光、電、信息科技、以及各種先進的互動手法，科技含量在整個亞洲堪稱之最。除了具有科學性、知識性、教育性之外還有強烈的趣味性和娛樂性的特點。
