三清殿

重檐歇山造，原面寬五間，明擴為七間，進深六間，殿內豎有20根木石連接大柱，仍保存宋代建築風格。與福州華林寺、寧波保國寺並稱為江南古建之華。 三清殿包括山門、三清殿、通明殿、九禦殿、四官殿、文昌殿和五帝廟、東嶽殿、五顯廟、西嶽殿等。

三清殿東面的東嶽殿，今仍保存著宋代龍柱，明代梁架結構，梁架上彩繪著道教圖案，是南方罕見的古建實物。

三清殿和東嶽殿之間的庭院，現已辟為“碑園”，集中存放著從全市各地收集來的碑碣石刻。其中最為寶貴的是宋徽宋趙佶手書的瘦金體《神霄玉清萬壽宮碑》、宋孝宗的《賜少保陳俊卿紮碑》和陳俊卿的謝恩表文。《興化軍祥應廟記碑》是研究宋代莆田對外貿易的不可多得的寶貴材料，也是我國人民和印尼人民貿易往來的歷史見證。

此外，尚有蘇軾、文天祥、周瑛等歷史名人的題刻，薈集著真、草、篆、隸等各體書法，琳瑯滿目，是珍貴的文化遺產。