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大三巴牌樓是上帝之母教堂(即聖保祿教堂)的前壁遺址。
聖保祿教堂屬聖保祿學院。上帝教的耶穌會士早在1565 年已在聖安多尼堂側樹立起第一間會院，後又在大三巴山上建築新會院，並附設教堂和供講解教理之用的黌舍。至1594 年，該黌舍升格為學院（其時的大學），成為遠東地域最早的一所西式大學，這就是有名的聖保祿學院。
與聖保祿學院連接的聖保祿教堂，創立於1580 年，於1595 和1601年先後兩次失火，教堂焚毀。1602年開端第三次重建，如今牌樓左側還存有其時的奠定石。全部建築工程直至1637-1640年間才完整完工；今朝所見的教堂前壁就是最後落成的部門。1835 年，一場大火銷毀了聖保祿學院及其從屬的教堂，僅剩下教堂的正面前壁、大部份地基以及教堂前的石階。自此之後，這裏便成為世界著名的聖保祿教堂遺址。
